A música acompanha o caminho do metrônomo humano, o prodigioso pianista Kousei Arima. Mas depois da morte de sua mãe, Kousei cai em uma espiral descendente, tornando-o incapaz de ouvir o som de seu próprio piano. Dois anos mais tarde, Kousei ainda evita o piano, deixando para trás seus admiradores e rivais, e vive uma vida incolor ao lado de seus amigos Tsubaki Sawabe e Ryouta Watari. No entanto, tudo muda quando ele encontra uma bela violinista, Kaori Miyazono, que desperta seu mundo e o coloca em uma jornada para enfrentar a música novamente.

Mitsuha Miyamizu, uma colegial, deseja viver a vida de um garoto na cidade fervorosa de Tóquio, um sonho que contrasta com sua vida atual no interior. Enquanto isso na cidade, Taki Tachibana vive uma vida ocupada de colegial entre seus estudos e seu emprego de meio-período, esperando por um futuro na arquitetura. Um dia, Mitsuha acorda num quarto que não é dela, e se vê vivendo a vida dos sonhos em Tóquio, mas no corpo de Taki! Em outro lugar, Taki se encontra vivendo a vida de Mitsuha no humilde interior. Em busca de uma resposta para esse estranho fenômeno, começam a procurar um pelo outro. Kimi no Na wa é centrado nas ações de Mitsuha e Taki, que começam a ter um impacto dramático na vida um do outro, os colocando numa costura que se mantém pelo destino e circunstância.